De exacte oorzaak van een runnersknee/lopersknie is voor wetenschappers niet helemaal duidelijk. Een lopersknie komt vaker voor bij mensen die niet getraind genoeg zijn voor de afstanden die zij hardlopen. Dat betekend dat men met te lange afstanden willen hardlopen terwijl zij ongetraind zijn. Of wanneer een hardloper ineens een te grote stap maakt in zijn afstandstraining. Ook kan het zijn dat de hardloper een veel hogere snelheid van lopen toepast, hoger dan hij/zij gewend is. Versleten hardloopschoenen leiden ook vaak tot een lopersknie. Andere mogelijke oorzaken van een lopersknie kunnen zijn, lopen met naar binnen gedraaide voeten, zwakke been-, bil- of heupspieren, platvoeten, verstoorde heup-/kniecoördinatie, vermoeidheidsklachten en een verstoorde mineralen vitamine en waterhuishouding.