Het is niet duidelijk wat de specifieke oorzaak van de pijn is, maar wellicht ontstaat dit vanuit de facetgewrichten, discus, spieren en/of ligamenten van de nekwervels. Bij sommige patiënten ontstaat de pijn na een ongeval, waarbij er geen verwarring mag ontstaan met een whiplash. Of soms kan het ook ontstaan door een ongecontroleerde beweging van het hoofd, langdurig een verkeerde houding aannemen, het verkrampen van de hoge nekspieren waardoor het gewricht minder bewegingsvrijheid heeft. Er is een mogelijkheid dat zelfs vanuit de geboorte een ontstaansmoment kan zijn voor deze hoofdpijnsoort. Dit ontstaat dan door bijvoorbeeld de geboorte met behulp van een vacuümpomp, of een langdurige natuurlijke bevalling.